pre-programmedという単語は、事前に設定されたプログラムに基づいて行動することを指します。hardwiredと似ていますが、より機械的なニュアンスが強いです。たとえば、"The robot is pre-programmed to perform tasks."(そのロボットは作業を行うように事前にプログラムされています。)
innateという単語は、生まれつき持っている特性や能力を指します。hardwiredは神経や行動に関連する傾向を指しますが、innateはもっと広い意味で使われます。たとえば、"She has an innate talent for music."(彼女は音楽に対する生まれつきの才能があります。)
programmedという単語は、特定の方法で計画的に動くことを指します。hardwiredは生理的な反応を指すことが多いですが、programmedは広く使用されます。たとえば、"He is programmed to respond to questions."(彼は質問に反応するようにプログラムされています。)