metabolizeという単語は、生物が栄養素を取り込んでエネルギーを得る過程を意味します。catabolizeが物質を分解する過程に特化しているのに対し、metabolizeは全体的な代謝過程を指します。例:The body metabolizes food into energy.(体は食べ物をエネルギーに変える。)
break down
break downという単語は、何かを分解することを意味します。catabolizeのように科学的な文脈でも使えますが、より広い意味で使われ、物理的な物体にもあてはまります。例:The enzyme helps break down fats.(その酵素は脂肪を分解するのを助ける。)