inhabitという単語は、特定の場所に住むことを指します。colonizeは、移住して新しい生活を始める意味合いが強いですが、inhabitは単に住むことに焦点を当てています。例えば、'Several species inhabit this area.'(いくつかの種がこの地域に生息しています)という使い方をします。
populateという単語は、ある場所に人々が住むようにすることを意味します。colonizeは新しい土地への移住を含みますが、populateはその場所に人を増やすことを指します。例えば、'They populated the region over decades.'(彼らは数十年かけてその地域を人で埋めました)と使うことができます。