embedという単語は、何かを他のものの内部にしっかりと埋め込むという意味です。特に、技術的な文脈で使われることが多いです。例えば、「You can embed this code into your website.」(このコードをあなたのウェブサイトに埋め込むことができます。)のように固定的に置くことを示します。
「insert」という単語は、「挿入する」という意味があります。このニュースのタイトルにある「insert a Brightline train tunnel」という表現は、繁忙期の高速道路の下にBrightlineの鉄道トンネルを設置することを意味しています。そして、そのトンネルを設置するためには、多くのグリースを使い、トラフィックを妨げることなくトンネルを完成させる必要があるということです。